ИМХО: несколько преувеличенная проблема. В ПЛК размещаем только скомпилированный код программы. CoDeSys компилирует программу. Восстановить ее текст из машинного кода не реально! Это очень сильная защита сама по себе.
Если устройство работает, то в ПО постепенно корректируются ошибки, вносятся доработки. Можно содрать скомпилированный код, но у заказчика обязательно возникнет нужда в сопровождении, а делать его не имея исходного проекта нельзя. Поэтому тут важно защищать данные в своем компьютере. Защищать код в ПЛК сродни идее приковывать кошелек к ноге цепью.