Добрый день.

Inputs[0], Inputs[1], ... - это holding-регистры с адресом 0, 1 ...
Outputs[0], Outputs[1], ... - это input-регистры с адресами 0, 1 ...

Смещения адресов (4xxxx, 3xxxx) в CODESYS в нет.
%I, %Q не влияют на Modbus-адреса и лучше их не трогать вообще.