Добрый день.
Принцип реализации нестандартных протоколов для CODESYS V3 описан в этом документе:
http://ftp.owen.ru/CoDeSys3/11_Docum...cols_v.1.1.pdf

Судя по описанию - ваш протокол предельно простой, так что это не должно составить проблем.