1. Кабель для программирования переводит порт DBGU в режим программирования (протокол Gateway). Соответственно другие протоколы не могут через данный порт работать. Перемычка на верхней плате (сделана в сервисных целях) делает так, что использование данного кабеля не занимает порт по Gateway, а оставляет открытым для любого обмена. Вот и все.
Номера COM портов указаны в описании SysLibCom.
2. По поводу программы- присылайте проект - посмотрим.