Контроллер удалось запустить неожиданным образом.

1. Перепрошивка на 2.0.7, Target 2.0.6.
2. Создание простейшего непустого проекта (1 дискретный вход копируется в 1 дискретный выход).
3. Online/Login, но от загрузки программы отказываемся.
4. Online/Create Boot Project. На предупреждение о различии кода отвечаем утвердительно.
5. Теперь можно делать Online/Run и т.д. Вроде работает.