Добрый день!
На сколько мне известно в режиме эмуляции визуализация не разворачивается на полный экран.
При использовании CODESYS Control Win V3 у окна визуализации есть кнопки "свернуть" и "закрыть"? (Если есть возможность - приложите скриншот, чтобы было понятно, о чем речь).
Пришлите, пожалуйста, проект в формате project archive. Постараюсь у себя повторить. До сих пор с таким не сталкивался.