Скорее всего - реальная проблема тестирования бинарника в ее принципиальной невозможности ))) Исполняемый код загружается в чип и стартует по окончании загрузки - управлять процессом исполнения (ставить точки останова, смотреть регистры, память) нет возможности. Существуют, конечно, аппаратные отладчики для подобных систем, но интегрировать их в контроллер никто не будет.

Тестируйте введенную пользователем программу в текстве, полагаясь на "божественную непогрешимость" предлагаемого компилятора и линкера (которую кстати никто вроде не оспаривает) )))