Похоже проблема была именно в новой версии WinSCP. Скачал ту, что у вас в документе прописана (5.5.5), в ней также ошибки выдаются, но файлы загружаются.
Но теперь ещё надо решить проблему со сбрасыванием пароля при отключении питания ПЛК. Пароль задаю через Putty, командой passwd. Пробовал на двух ПЛК304.
Может быть проблема в батарее (на одном из контроллеров часы останавливаются при отключении питания) или пароль хранится в энергонезависимой памяти?