Приведу цитату из этого форума:
В выходные регистры вы можете записывать что угодно однако реально будет применено значение из алгоритма а там при пустом проекте скрыто висят нулевые константы. Т.е. для управления выходами необходимо создать сетевую переменную и с помощью "Extract bit" привязать ее (переменной) биты к выходам.