Приложите ваш проект (выполните Проект - Экспортировать). Укажите путь к проблемному окну.
Если мнемосхема открыта как документ, то ее закрыть нельзя. Сделайте на ней кнопки перехода на другие окна или мнемосхемы.
Некоторые пользователи делают что-то вроде собственного тулбара и размещают его на мнемосхеме или делают в виде незакрываемого плавающего окна.