Проблем с написанием и корректировкой программы для ваших нужд нет. Однако остались технические вопросы.
1. Как будете подключать контролер параллельно регулятору температуры или последовательно
Каждый из этих режимов имеет свои преимущества и недостатки. Первый позволяет на регуляторе выставить нижнюю температуру, для котла и при понижении уличной температуры поднимать температуру в котле. Второй способ более безопасный, ограничивается верхняя температура котла, но в случае "подвисания" контроллера могут быть проблемы.
2. Рекомендую управление насосов сохранить для отопительного контура, приведет к серьезной экономии в межсезонье. По значениям уличной температуры будет включаться и выключаться отопление. Но чтобы более точно об этом поговорить нужно знать вашу гидравлическую схему.
3. Датчики какие собираетесь использовать, например для быстрого монтажа можно использовать накладные, а для большей точности использовать погружной датчик в тело котла.

Подобная схема мною была реализована правда в более сложном решении с трехходовыми кранами, два контура отопления, из них один теплый пол, дополнительный датчик температуры помещения для коррекции температуры подачи с настройкой процентов влияния на эту температуру. Уплавление температурой котла и бойлером.

ниже ссылка
http://www.owen.ru/forum/showthread.php?t=3963&page=4

p.s. чем смогу помогу