Здравствуйте.
Скажите, пожалуйста, из какого режима (ПРИТОЧН, ЛЕТНИЙ и др.) Вы запускаете Автонастройку? Изначально Вы перевели прибор в неактивный режим (idle = on), задали все необходимые параметры (аналоговые входы, дискретные выходы, выходные устройства, графики, машина состояний, АНР регуляторов), затем активизировали прибор и перешли к автонастройке?
Параметр Y0 - это уставка температуры. Для канала chan2 (приточный воздух) Вы задаете значение температуры приточного воздуха; для канала chan3 (обратная вода) Вы устанавливаете значение 0 (поскольку для обратной воды нет жесткозаданной уставки, она определяется по графику). Остальные параметры в папке АНР Вы задавали?