Выход нашел. Добавил еще одну переменную на вход LOAD, которой в разделе переменных сразу присвоил TRUE и в программе на нее повесил выход счетчика, т.о. счетчик загружается значением в первом цикле программы. Считаю, что это косяк в CodeSys. Может кто ещё предложит варианты решения, или так изначально для чего-то задумано?