Если программа была написана под старую версию таргета, а Вы пытаетесь ее загрузить на новый контроллер, с новой прошивкой, требующей новой версии таргета, то помимо переустановки таргета, в проекте необходимо сбросить конфигурацию ПЛК на стандартную (дополнения/стандартная конфигурация) и воссоздать ее заново.