Загрузка архива проекта в СПК: в режиме отладки Онлайн -> Логин нажимаете на Онлайн -> Загрузка исходного кода на..., после чего архив вашего проекта запишется во внутреннею память СПК.
Выгрузка проекта обратно в Codesys: Файл-> Загрузка исходного кода.