Описанная проблема проявляется в младших версиях прошивок МДВВ, боюсь быть не точным, но как раз до 1.07. Овен заявляет, что исправили в более поздних прошивках.
Выход из ситуации:
1. Перепрошить в сервисном центре. Например, у нас в Красноярске это не возможно, поэтому курим бамбук или переходим к пункту 2.
2. Плюнь на регистр 50. Используй регистры 0...7 для управления состояниями выходов соответственно 1...8. Пишешь 0 - выход выключен, пишешь 1000 - выход включен, пишешь значение между 0 и 1000 получаешь ШИМ с нужной скважностью. Обмен можно выполнять через 8 шт. register output module, а можно и быстрее через 1 шт. string output module. Если линия короткая поставь скорость 115кБод и всё бдет как со смазкой.