И снова здравствуйте. Есть результаты. Причем весьма интересные. В итоге все свелось к радиальным биениям переходной муфты соединения вала редуктора и вала энкодера. Она была выточена из металла и, откровенно говоря, была кривоватой.
Заменили сие изделие на кусочек резинового шланга с нитяным армированием. Теперь работает идеально, правда с одним "но", которое пока не могу объяснить. Оборудование стоит в цехе, температура в котором примерно +5-7 град. При первом включении оборудования получается та же ошибка, которая была изначально (правда с гораздо меньшим приращением, т.е. примерно за 100 проходов туда-обратно, мы съехали вниз всего на 8 мм.), но спустя минут 5-10 работы и повторной инициализации счетчика ошибка мистическим образом исчезает и агрегат работает так как нужно на протяжении долгого периода (около 400 проходов, что полностью устраивает).
В общем-то такая ситуация. Вроде бы и проблему можно считать решенной, а вроде и осадок какой-то остался от непонимания такой картины. Всем спасибо за помощь.