делал что то подобное но с использованием энкодера и счетчика СИ30.
http://www.owen.ru/forum/showthread.php?t=12261
Устранения описанной Вами проблеммы добился только уменьшением скорости механизма. Все таки ИМХО вопрос пропускания импульсов скорее всего при большой частоте.