MasterScada и СОМ-сервер.

[SCADAMaster]

Попробуйте вызывать DebugWindow_Show() и DebugWindow_Hide() в BeginInvoke.
Пример такой:
RTManager.Instance.ThreadHolder.BeginInvoke(new ThreadStart(delegate
{
//ваш код
}));

В секцию using добавьте:
using System.Threading;