Сергей ,уточните ,зачем Вам анализировать другие частоты и длительности ,что за обьект .Думаю ставить МК на ИК приемник -через чур .Чтобы не терялись импульсы в ПР с ИК поставьте на входе ПР (выходе ИК приемника) счетный триггер и тогда коротких импульсов на входе ПР не будет ,а уж их анализируйте в ПР сколько угодно.
Сигнал лучше передавать (принимать) целиком ,а не фронта.Диф.цепочки склонны к помехам.