почему нет? только порт, открытый библиотекой, придется закрыть и открыть заново методами WinAPI. если используются полуавтоматические преобразователи RS485/RS232 ими тоже придется управлять вам.

протокол ОВЕН не так уж и сложен, особенно если вам нужно прочитать всего пару параметров. возможно, будет проще реализовать протокол, чем совмещать работу с одним портом разными средствами.