Kowex по идее не должен мешать, так как ПО вы запускаете на нем, если я правильно понимаю.
Еще могут быть проблемы с драйверами, но тогда бы они и определять СОМ не должны были или выдавать ошибку по нему.

Вообще я программировал ПР метровым шнуром, но шнур был от фотика Canon с фильтром. В общем хоть и тонкий но качественный.
А народ тут жаловался даже на штатные шнурки.