Если файл назначения существует и он больше файла источника то при копирование в файле назначения остаяются старые данные.

Тоесть допустим есть файлы с содержимым:
test1.dat:
0x10 0x11 0x12 0x13 0x14

test2.dat:
0x20 0x21

После вызова SysFileCopy(test1.dat, test2.dat) файл test1.dat содержит:
0x20 0x21 0x12 0x13 0x14

должен содержать:
0x20 0x21


Еще вопрос с какая максимальный поток данных выдержит flash карта?

Прошивка: 2.07.2
Target: 2.06