Еще и как может! Как известно термопара измеряет не температуру а разность температур. В приборах с коррекцией по температуре свободных концов имеется встроенный датчик для измерения этой самой температуры, соответственно изменяя температуру встроенного датчика мы изменим показания прибора. Что касается разности показаний за 0.25 часа следует учитывать постоянную времени как термопары так и образцового термометра, скорее всего термопара реагирует быстрее. Вообще измерение температуры дело тонкое, обязательно нужно учитывать инерционность процессов нагревания-остывания. Если позволяет температурный диапазон лично я отдал бы предпочтение термометру сопротивления. Есть вариант использовать DS1820 но тут уже придется вооружится паяльником