Добрый день. Очень интересную задачу для ТРМ Вы придумали.
Насколько я понял, Вам на выходе трансформатора нужно поддерживать постоянное напряжение? А есть факторы, которые пытаются изменить это напряжение в большую или меньшую сторону?
Судя по начальному посту, Вам нужно поддерживать постоянное напряжение на конденсаторах. Тогда для ПИД регулирования должно быть постоянное падение напряжение. Желательно (но не обязательно) равномерное. Во время автонастройки разряд конденсаторов должен быть такой же, как при нормальной работе, принудительно ничего разряжать не надо.
При автонастройке большие скачки в плюс и минус нормальное явление. Если для Вас это критично, включайте в работу с заводскими настройками и от них пляшите подбирая коэффициенты вручную.
Если у Вас потеря заряда (напряжения) незначительная по времени, то Вам ПИД регулятор не нужен ВААПЧЕ. Лучше использовать двухпозиционное регулирование, поставьте небольшую дельту по напряжению и всё.
Если не секрет, что за установка?
С уважением.