1. Чтобы было легче с визуализацией работать - поставьте все-таки русифицированный CoDeSys - сильно поможет в понимании.
2. Все остановки работы делаются программно - заведите на вход контроллера какую либо кнопку (тумблер, переключатель...), и по нажатию кнопки принимайте необходимые меры.