Подытожу - вы и без нашего контроллера воспроизводите ту же самую ситуацию.
Тогда, на мой взгляд, может быть 3 причины, по которым она может возникать:
1. Она связана с особенностями реализации наших шаблонов.
Вы можете проверить эту гипотезу, настроив обмен через стандартные компоненты Modbus Slave Com Port.
2. Она связана с особенностями реализации драйвера Modbus в CODESYS.
Вы можете проверить эту гипотезу, настроив обмен через библиотеки (например, через OwenCommunication).
3. Она связана с особенностями вашего проекта (я обзорно посмотрел его и не вижу там ничего, что могло бы привести к такой ситуации - но это не значит, что такого не может быть).
Вы можете проверить эту гипотезу, повторив эксперимент в пустом проекте (в котором нет ничего, кроме обмена с модулями).