Т.к. "помогает только перезаливка проекта", а простая перезагрузка панели не помогает, то возможно дело не в проблемах обмена.
Можно неправильными настройками графиков, трендов, архивированием на USB, и не такое натворить.
Но это догадки (мысли в слух), ведь после перезаливки проекта, графики, тренды, и пр. начинают работать с "чистого листа"