Проект попробую выложить, если конечно мне разрешат выложить проект на всеобщее обозрение. Я кое что делал с ПЛК чтобы заставить его работать. А именно команду updateCore. Но команду formatFFS я не нажимал. Если точнее то я проделал то что было сказано тут проделать (https://owen.ru/forum/showthread.php?t=31023). Это не помогло, проблема была до этих манипуляций и осталась после.
Врятли дело в проекте. Первая версия проекта состояла из обработки первого входа и нажатию первого выхода по сигналу из первого входа. И всё. Там негде было ошибиться. Но косяк с несохранением программы уже тогда был.