Там MinCycleLength=1 по умолчанию в конфигурации.
Я уже сталкивался с подобным поведением этой [M02] версии, проект не маленький и когда ЦПУ не хватает мощи уложится в заданное время он, по ходу, бросает прогон где-то и начинает сначала, поэтому у ТС при пошаговом прогоне вроде норм.
Вообще офигенное оборудование.