То есть Вы эмуляцию не на таргете ПЛК делаете, а на None (при выборе типа контроллера)?
Тогда нигде, и это никак вообще не связанно с контроллером.
Мощность Вашего ПК - сугубо Ваш гордость Но если ПК не справляется с задачей (без попытки эмулировать какой то из контроллеров), значит что то ему не хватает.
Возможно стоит подумать о разбиении программы на поменьше и распределении их вызова.