1 цикл в ПЛК всегда выполняется - глобальный цикл выполнения программы.
Если Вы разобъёте свой 1000 итерационный цикл на 100 10 итерационный, к примеру, всё заработает.
А Watchdog срабатывает через 1 секунду - нет таких задач, к-е бы требовали выполнения в течении 1 секунды и их нельзя было бы прервать и разбить на кусочки.