Cs-Cs как скажешь, но ты тормоз
Потому что вынося задачу в отдельное устройство ты экономишь на всем.
1. цикл мозга уменьшается и не заморачивается распознаванием длинных нажатий кнопок да и вообще какой-то логикой
2. опрос уменьшается, так как из той же ПР надо считывать только состояния выходов, входы ПР считывает и обрабатывает сама
ну а так по теме
1. используете групповой запрос регистров модулей или каждый счетчик по одному из модуля читаете ?
2. определитесь, что есть короткое и длинное нажатие даже одним запросом? можете ?
3. какие модули используете ? МХ110-32ДН ?