Где-то на форуме видел, что да: так и должно быть. Конфигуратор работает со СМИ2 по протоколу ОВЕН, и после смены протокола подключиться не получится.
Друзья! в сми2 в инструкции четко прописано - если меняете протокол, то для программирования нужно удерживать кнопку на сми2 она сменит сетевые настройки на стандартные. вы ее переконфигурируете, а после того как она в себя из конфигуратора все примет - снова переключается на настройки, выставленные вами.