Насколько знаю входные диоды реагируют вне зависимости от наличия программы - вполне себе какая-то шняга с ПЛК если входы замыкали а диодов не было. Я б по таким первичным данным без плк туда не поехал бы (смысл ?). А код перегрузить - удаленка (выше говорили) или прислать plc_io.exe с батником и парой файлов не проблема.