Ну да и что такого?
Заводите переменную, называете допустим summ_count.
Прописываете summ_count:=0, запускаете таймер, пока таймер ведет отчет каждый цикл суммируете значение на счетчике с переменную summ_count.
summ_count:=summ_count+counter;
Если таймер был равен 1 секунде то получите частоту. Что дальше я писал.
Могу написать конечно как это в Кодесус делается, но вроде все просто.
Если вас смущает, то что цикл допустим 1 мс (то есть 1000 раз в секунду), а расход может быть на уровне 100 Гц, то это ничего страшного.
Т.е. допустим расход 10%, т.е 100 Гц. А цикл выполенения 1 мс. Значит в счетчик будет поступить число 1 только каждый 10 цикл, а 9 циклов counter=0.
Просто в некоторые циклы в счетчик ничего прописано не будет, и значение summ_count не будет изменятся, но количество импульсов все равно будет подсчитано верно.