Если переменные меняют свой уникальный ID, который присвоен им сервисом, то данные теряются.
Смена ID происходит:
1) при изменении файла символьной конфигурации (для автоопределяемых устройств)
2) при импорте параметров в формате JSON или Codesys 2.3
3) при ручном удалении/добавлении параметра (будет заменён ID этого параметра)
В описанных случаях фактически происходит удаление параметров с последующим их добавлением в сервис, что ведет к присвоению им нового ID.