У меня такое подозрение, что если принудительно остановить работу ФБ Steper
SteppersConfig_Pru1MemoryTransfer.STEPPER1_PRU1_st epper_enable := FALSE;
без предварительной проверки
IF SteppersConfig_Pru1MemoryTransfer.STEPPER1_PRU1_st epper_state = STOP_STEPPER_RUN_STATE
то после этого ФБ перестает нормально работать.