1) экранирование и защита входа от перенапряжений (снабберы, максимальное напряжение которое держит вход в режиме измерения сопротивления узнавайте у производителя). Всё очень сильно зависит от условий прокладки и длины линии.
2) Учитываем, что используется только часть диапазона АЦП ПР200, точность в любом случае ниже.
3) Всё зависит от длины линии и способа прокладки. Сопротивление проводов тоже зависит от температуры, и будет "гулять".
Режим подключения Pt1000 "напрямую" - дополнительный, поэтому копья ломать не стоит.
PID- регулятор с таким подключением датчика никто в здравом уме делать не станет, а для точности +-5градусов все эти выверты не нужны.