А меня смущает "а проект после месяца простого хранения реально весь в ошибку ушел" - и на домашнем компе так же ?
на счет вирусов вопрос открытый, если бы флешка была не при чем, то на компе, где писалась программа не было бы провблем, связанных с версиями ПО.