Вообщем, покурив файлы "CoDeSys Control V3 Reference" и "CoDeSys Control V3 Manual" и сравнив что имеем (CmpApp.EventIDs), я решения не нашел.
Значит, тупо придется при перезагрузке смотреть файл лога на наличие этой строки "0x00000002, 4, 16, 40, Retain restore from file failed: [<app>Application</app>]" и восстанавливать вручную область RETAIN