http://www.owen.ru/forum/showthread.php?t=16792
5. Методика обновления проекта с Flash карты:
Flash носитель должен быть отформатирован в FAT32
В корне носителя создать папку с названием app (маленькими английскими буквами).
Открыть CODESYS с проектом. Выполнить пункты:
Компиляция - очистить все
Компиляция - генерировать код
Онлайн - создание загрузочного проекта
Выбрать в качестве предлогаемой папки каталог app в корне FLASH носителя.
Дождаться сохранения проекта
Подключить Flash к СПК
Войти в загрузочное меню
Выполнить пункт Обновить проект.
Через некоторое время на СПК запустится обновленный проект.
Извлечь Flash. Новый проект уже является загрузочным и сохранится при отключении питания.