Можно попробовать синхронизировать часы не по окончанию минуты, а например,
IF ((Second_old = 45) AND (Second = 46)) THEN
SysExecute('hwclock -s'); // это вызов команды Linux hwclock с ключом -s
END_IF
Если же часы уже и не часы, а ... ? то
IF ((Second_old = 45) AND (Second = 46)) OR ((Second_old = 15) AND (Second = 16)) THEN
....
(Не забываем поставить где - либо далее Second_old =: Second;