Раз ответа нет, видимо, все-таки перепрошили контроллер.

Сообщение CoDeSys о разном кол-ве POU в целевой системе и в среде программирования - это несоответствие таргет-файла с версией прошивки контроллера. При переходе на прошивки версий 2.х кол-во POU в целевой системе было уменьшено с 512 до 256.