Ну, правильно, программа же проверяет сверху вниз.
Когда Вы зажигаете первый идет код:

IF k1=1000 THEN svet:=s1;
ELSE svet:=0;
END_IF

и диод должен загореться, но программа читает дальше:

IF k2=1000 THEN svet:=S2;
ELSE svet:=0;
END_IF;

тут условие не выполняется и диод гаснет.

Надо саму программу переделать.