Ну, правильно, программа же проверяет сверху вниз.
Когда Вы зажигаете первый идет код:
IF k1=1000 THEN svet:=s1;
ELSE svet:=0;
END_IF
и диод должен загореться, но программа читает дальше:
IF k2=1000 THEN svet:=S2;
ELSE svet:=0;
END_IF;
тут условие не выполняется и диод гаснет.
Надо саму программу переделать.