Вопрос всё ещё актуален. Я так понимаю он весьма глуп, что на него никто не ответил?
Насколько я понимаю, работать с 2 ФБ и разными файлами на разных портах технически не возможно?
1) Если данный функционал востребован, как вы бы видели входные параметры ФБ? (Файлы)
2) Все же - технически зачем вот это?
Часто задаваемые вопросы по кодесис
1) Почему программа не работает - Следует выполнить "Онлайн ->Старт"
2) Где скачать CoDeSys, таргеты, прошивки, библиотеки - http://www.owen.ru/catalog/codesys_v3/opisanie