Можно сделать подобный отчет.
В поставке скады, в разделе Учебные есть проект Примеры отчетов. Объект Периодические отчеты - Отчет с формой. Там решается подобная задача - выбираются точки которые нужно строить.
В примере используется форма в самом отчете, но аналогично можно использовать команды из дерева объектов.