У Вас неправильное понимание функционирования ПЛК
Нет никаких отдельных циклов входов и выходов.
Цикл ПЛК состоит из:
чтение входов в область I
Выполнение программы пользователя
Запись выходов из области O
Наши счетчики и etc. по сути код на С, к-й мы написали и привязали к изменению значений на входах, в котором и крутится весь функционал
ПЛК, несвязанный с CoDeSys. Можно вставить еще модули для обработки входов, но пользователь этого сделать не может, только мы.
Вы хотите получить прерывание при изменении входа? Это в принципе возможно.