Перейдите на LINT/ULINT коли нужно. Непонятно зачем, но ещё и на жизнь внуков хватит. Переходит через 0 также как и часы в полночь. Со сбросом - а не трогайте сам энкодер, работайте с разницей между обращениями и базой-точкой отсчёта. Нет же проблем определить расстояние от N-cка до д.Васюки если у N-ска столбик 447й к, а у Васюков 491й? Или с этим проблемы? Если нет - то сменили точку отчёта и поехало снова с нуля.
Все проблемы с этим надуманные.